On peut admirer deux de ses chefs d’œuvres à San Pedro de Lima : le Couronnement de la Vierge et la Vierge de la Candelaria, sans doute réalisées après son retour à la capitale en 1610.
Il rapporta d’Europe le maniérisme du Greco et de Raphael, caractérisé par des visages allongés, des drapés complexes aux coloris pastel et la prépondérance des personnages au premier plan, sur des fonds quasi absents. C’est en adaptant ce style à l’héritage culturel colonial espagnol qu’il créa l’un des mouvements picturaux les plus typiques du Pérou.
L’art dit cusquénien se reconnaît à la répétition de petits motifs décoratifs et la priorité donnée aux couleurs vives sur la dynamique du dessin d’ensemble. La position des personnages est en effet hiératique, souvent debout et de face. Leurs manteaux sont en revanche richement décorés à la feuille d’or, avec la technique du brocateado.
